Gra łączy znane postacie z serii Disgaea firmy Nippon Ichi Software i Atelier firmy Gust, tworząc zupełnie nowy i oryginalny świat. Na początku gracz wybiera spośród postaci chłopca lub dziewczynki, a wybór ten ma potem zasadniczy wpływ na zadania w grze i samą historię.
W pierwszej przygodzie głównym bohaterem jest Kanata. Jego przodkowie chronili swoją krainę Netheruniverse, przekształcając ją w magiczny kryształ, tzw. Demon God Gem. Kanacie jednak nie podoba się taki los i woli drogę wolności i beztroskiego życia. W końcu jednak zaczyna się zastanawiać, czy jego decyzja była słuszna, gdyż tylko samopoświęcenie może uratować ten świat.
Bohaterką drugiej historii jest Walkiria Rizelea, która przybywa do Netheruniverse, aby odkryć zbliżające się niebezpieczeństwo z kosmosu i uratować świat przed zniszczeniem.