TMNT wykorzystuje te same mroczne i niebezpieczne środowiska, co film Imagi Animation Studios. Akcja gry toczy się w Nowym Jorku, który opanowany jest przez przestępców i dziwne stworzenia. Podczas walki z tym niebezpieczeństwem żółwie przeżywają swoje najtrudniejsze chwile jako bohaterowie i jako rodzina. Raphael, Donatello i Michelangelo tracą koncentrację i mają problemy z dogadaniem się z innymi oraz utrzymaniem dyscypliny ninja. W grze to do Leonardo i wiernego Mistrza Splintera należy zjednoczenie gangu i uratowanie Nowego Jorku przed złem, które czai się za każdym rogiem. Gracze wykorzystają w tym celu wspaniałe akrobatyczne akcje, kooperacyjne walki i potężne ruchy bojowe.