Nowojorska detektyw Aya Brea powraca, i to po bardzo długim czasie. Ostatni raz widzieliście ją jeszcze w czasach Playstation One w tytule Parasite Eve. Teraz powraca na PSP z nową historią.
Od decyzji głównej bohaterki zależy los świata. Czy możesz jej pomóc? Aya musi po raz kolejny stawić czoła zagrożeniu ze strony obrzydliwych mutantów, które opanowały miasto, a Ty będziesz musiał się im przeciwstawić.