Akcja Super Meat Boy Forever rozgrywa się kilka lat po wydarzeniach z Super Meat Boy. Meat Boy i Bandage Girl wiedli szczęśliwe życie przez kilka lat bez doktora Fetusa, a teraz mają piękne dziecko o imieniu Nugget. Nugget jest uosobieniem radości dla Meat Boya i Bandage Girl.

Pewnego dnia, gdy nasi bohaterowie byli na pikniku, Dr Fetus podkradł się do nich, pobił Meat Boya i Bandage Girl łopatą i porwał Nugget! Kiedy nasi bohaterowie dotarli na miejsce i odkryli, że Nugget zaginął, wiedzieli, do kogo się udać. Zeszlifowali swoje kostki i zdecydowali, że nigdy nie przestaną, dopóki nie odzyskają Nuggeta i nie dadzą Dr. Fetusowi bardzo ważnej lekcji . Lekcję, której można nauczyć tylko za pomocą ciosów i kopnięć.