Akcja Spec Ops: The Line rozgrywa się w sercu zniszczonego Dubaju. Niegdyś miejsce bogatych elit, Dubaj padł ofiarą serii niszczycielskich burz piaskowych. Ultranowoczesna architektura leży na wpół zakopana pod tonami piasku. I to właśnie ten piasek będzie odgrywał znaczącą rolę w sytuacjach bojowych w całej grze, niezależnie od tego, czy będzie ci pomagał, czy przeszkadzał.
Podczas gdy większość ludzi uciekła z tego opustoszałego pustkowia, zanim burze piaskowe zdążyły przetoczyć się przez nie, pułkownik armii amerykańskiej John Konrad i jego lojalny oddział zostali w tyle, by chronić tych, którzy nie mogą odejść. Nie mogąc skontaktować się z nikim po uderzeniu burzy, armia amerykańska obawiała się, że pułkownik Konrad i jego drużyna nie żyją, dopóki nie zabrzmiał słaby sygnał i tak rozpoczęła się akcja ratunkowa.
Jako kapitan Martin Walker, ty i twój zespół Delta Force będziecie musieli przeniknąć do zdradliwego terenu i sprowadzić Konrada z powrotem do domu. Przekroczyć linię, gdzie śmierć i obowiązek stają się jednym. To koniec - ciebie i twojego rozsądku - kiedy twoja służba dobiega końca i tylko to ci pozostało.