W Shadow Harvest gracz wciela się w agentów ISA (Myra Lee i Aron Alvarez), którzy jako elitarni agenci zostają rozmieszczeni w różnych miejscach obecnych i przyszłych konfliktów na całym świecie, aby wspólnie przeprowadzić tajne operacje. Obie postacie bardzo się od siebie różnią i każda z nich posiada inne umiejętności. Aby jak najlepiej wykonać misje, gracz musi połączyć skradanie, spryt i umiejętności sportowe Myry z podejściem Arona do otwartej walki. Historia prowadzona z perspektywy dwóch postaci stanowi unikalne połączenie akcji i strategii. Oprócz typowej taktycznej rozgrywki akcji, w którą grasz jako Aron, Shadow Harvest oferuje elementy klasycznej akcji skradankowej, gdy grasz jako Myra. To nowa mieszanka elementów, która oferuje interaktywne możliwości narracyjne i pozwala graczowi zagłębić się w porywającą historię z unikalnym doświadczeniem rozgrywki.