Gra na XBOX360 Prototype 2 (Radnet Edition).Główny bohater Alex Mercer nie jest typowym dobrym człowiekiem. W rzeczywistości uwolnił w Nowym Jorku super wirus, który wprawdzie uczynił go nadnaturalnie silnym mutantem, ale większość mieszkańców zamienił w zainfekowane potwory. Światowa stolica stała się strefą wojny, w której wojsko próbuje przejąć kontrolę.

Alex Mercer zaginął 14 miesięcy po wybuchu walk w Nowym Jorku. Wojsko próbuje przywrócić porządek i podzieliło miasto na trzy strefy bezpieczeństwa w zależności od stopnia zarażenia. Najgorsza jest strefa czerwona, gdzie wciąż szaleje chaos, a wirus ma przewagę.

James Heller to rodowity nowojorczyk, który służył jako żołnierz w Afganistanie i Iraku. W wyniku wybuchu epidemii stracił córkę i żonę, co sprawiło, że przepełniła go wściekłość i chęć zemsty. Zgłasza się na ochotnika do służby w czerwonej strefie. Chce umrzeć i chce zabrać ze sobą jak najwięcej mutantów.

Główna zdolność mutanta Jamesa Hellera opiera się na specjalnych mięsistych ślimakach, które wystrzeliwuje, by pochwycić dowolny obiekt, czy to samochody, czy wrogów. Te następnie są dość brutalnie rozrywane przez dziwną siłę. Inne zdolności, jakie posiada bohater, są podobne do tych z pierwszego odcinka.