Metal Gear Solid Portable Ops przenosi nas do roku 1970. Naked Snake aka Big Boss objął dowództwo nad specjalną jednostką FOX, ale wkrótce zdradził zaufanie swojego dowódcy, wymknął się spod kontroli i założył bazę na terenie okupowanej bazy wojskowej gdzieś w południowoamerykańskiej dżungli (półwysep czule nazywany La Peninsula de los Muertos, czyli Półwysep Umarłych). Wraz z tym członkowie oddziału FOX wysadzili przed nosem CIA kilka głowic nuklearnych, które zamierzają wysłać w kierunku Związku Radzieckiego - ma to na celu szturchnięcie wydarzeń dotychczas obrzydliwie zimnej wojny w kierunku nieco gorętszego konfliktu.