Marvel's Avengers rozpoczyna się w dniu A, kiedy Kapitan Ameryka, Iron Man, Hulk, Czarna Wdowa i Thor odsłaniają zaawansowaną technologicznie siedzibę Avengers w San Francisco - w tym ich własny helicarrier zasilany eksperymentalnym źródłem energii. Ale świętowanie idzie strasznie źle, gdy katastrofalny wypadek powoduje ogromne zniszczenia. Wina za tę tragedię spada na Avengers, którzy rozpadają się. Pięć lat później, gdy wszyscy superbohaterowie zostają zdelegalizowani, a świat jest w niebezpieczeństwie, jedyną nadzieją jest ponowne zebranie najpotężniejszych bohaterów Ziemi.

Marvel's Avengers przyniesie regularne aktualizacje zawartości i zabierze graczy na epicką wyprawę, która będzie trwała kilka lat. Ta gra reprezentuje przyszłość marki Avengers.