Powracają ekstremalne i nieprzewidywalne warunki, które charakteryzują serię strzelanek akcji Lost Planet. Fabuła obraca się wokół historii kolonizacji planety E.D.N. III. Nowym bohaterem jest Jim, kierowca terenowy, który opuścił Ziemię, by podjąć ryzykowny, ale lukratywny kontrakt na E.D.N. III. Pracuje on dla Neo-Venus Construction, firmy przygotowującej planetę do kolonizacji. Jim dołącza do swoich kolegów na stacji Coronis i rozpoczyna eksplorację nieodkrytych wcześniej części planety. W ten sposób zbiera próbki źródła energii planety - energii cieplnej. Gdy z czasem NEVECowi zaczyna brakować tej energii, los misji na Coronis zależy od odkrycia naturalnego źródła energii. Dla Jima odkrycie tego źródła oznaczałoby duży przypływ pieniędzy, a co za tym idzie szybki bilet powrotny na Ziemię do rodziny. Postanawia więc podjąć kolejne ryzyko i zapuścić się w niebezpieczne środowisko rządzone przez Akridów.