Ganryu 2 to sequel gry Ganryu, stworzonej przez VISCO w NEOGEO w 1999 roku. Fabuła osadzona jest w feudalnej Japonii fantasy, która jest mocno inspirowana historią Takezo Musashiego, którego przygody zostały rozwinięte w serii książek (zwłaszcza " The Stone and the Sword").
Grasz jako Miyamoto Musashi, który podróżuje przez fantastyczną XVII-wieczną Japonię, z północy na południe do wyspy Ganryu-Jima, gdzie wszystko zaczęło się między Musashim a Kojiro.
Po zwycięstwie nad Kojirem, Musashi postanowił medytować i uprawiać swoją sztukę na północy Japonii, w prowincji Hokkaido. Podczas jednej z medytacji skontaktował się z nim duch: "Miyamoto Musashi, nasza walka jeszcze się nie skończyła, czekam aż zakończysz naszą walkę raz na zawsze! Cała Japonia zapłaci za twoją zniewagę! Czekam na ciebie, Miyamoto Musashi!".
Dla Musashiego nie ma wątpliwości, że głos należał do Kojiro. Jego ciało zostało pokonane, ale jego duch pozostał i jego zamiary są nadal destrukcyjne. Miyamoto Musashi zrozumiał wtedy, że będzie musiał przemierzyć Japonię z północy na południe i przedostać się na wyspę Ganryû-Jima, gdzie po raz pierwszy pokonał Sasakiego Kojiro, by ponownie stanąć do walki i na zawsze uwolnić jego ducha.