W Far Cry 3 wcielisz się w Jasona Brody'ego, człowieka stojącego samotnie na krańcu świata, na tajemniczej tropikalnej wyspie odciętej od cywilizacji. W tym brutalnym raju, gdzie zbrodnia i przemoc są jedynymi pewnikami, to Ty zdecydujesz, kiedy i jak potoczą się wydarzenia w grze.

Poza granicami cywilizacji leży wyspa, na której nie obowiązują żadne prawa. To miejsce zdominowane przez piractwo i ludzkie nieszczęście, z którego nie ma ucieczki inaczej niż przez narkotyki lub kulę w łeb. I właśnie tam się znajdujesz. Tkwisz w miejscu, które nie odróżnia dobra od zła, miejscu rządzonym przez zasady przemocy.