Coś złowrogiego się dzieje, Wierzby znikają z Krainy Baśni, a Królowa Wróżek prosi Silka, by poszukał pomocy u wiedźmy Natu de Cotton. Cotton jest skłonna pomóc swojej starej przyjaciółce i razem wyruszają na kolejną przygodę.
W Cotton Fantasy gra się podobnie jak w poprzednie gry z serii. Oprócz tradycyjnych poziomów z mechaniką side-scrollingu, gra posiada również poziomy jak w Panorama Cotton i Rainbow Cotton. Mechanika Jewel Fever z Reboot została przerobiona, a przedmioty spadają teraz z wrogów, gdy zostaną trafieni magicznymi zaklęciami.