Conflict: Denied Ops przenosi nas w rolę nie jednego, a dwóch. W grze wcielamy się w członków Wydziału Działań Specjalnych CIA (SAD). Jednostka ta zajmuje się skomplikowanymi politycznie problemami, których sam rząd nie jest w stanie rozwiązać. Członkowie SAD to ludzie, których nikt nie zna, nie mogą mieć z nikim kontaktu, a w przypadku ich śmierci nikt nie będzie za nimi tęsknił.
Sama rozgrywka obsługiwana jest przez sztuczną inteligencję Twojego partnera, który na Twoje polecenie będzie Cię uzupełniał lub awansował pierwszy na przeciwników. Bez problemu możesz przełączać się pomiędzy dwoma postaciami, a sterowanie jest bardzo intuicyjne.