Alphadia Genesis to kronika epickiej przygody z Frayem i jego zespołem śledczym z Arcyksięstwa, którzy wyruszają, aby rozwiązać sprawę tajemniczego morderstwa w pobliskim mieście. Po wstępnym dochodzeniu do Fraya i jego towarzyszy dołączają delegaci z Królestwa Ghalzabine.
Powoduje to wzrost napięcia, ponieważ królestwa Arcyksięcia i Ghalzabine mają niełatwe relacje od czasu "wojny energetycznej" klonów, która miała miejsce 15 lat przed ich wspólnym śledztwem.
Na Fray'a i jego kolegów śledczych czekają zwroty akcji, ponieważ wkrótce odkrywają, że w tej konkretnej sprawie może być coś więcej niż na pierwszy rzut oka...