W grze Pet Zombies in 3D możesz wychować własnych gnijących humanoidalnych przyjaciół, którzy cieszą się specjalną dietą (taką jak mózgi), utrzymaniem fizycznym (a raczej jego brakiem) i różnymi chorobliwymi czynnościami, które uprzyjemniają ich nieumarłą egzystencję.


Na nawiedzonych cmentarzach, w opuszczonych sklepach czy zrujnowanych bazach wojskowych możesz bawić się, opiekować lub bezlitośnie torturować swoje zombie. Każde trójwymiarowe środowisko może być upiększone mieszanką różnych przedmiotów, rekwizytów, a nawet muzyką, którą twoje nieumarłe stworzenia lubią najbardziej. W trakcie gry napotkasz nowe zombie, które możesz dodać do swojego gangu i odpowiednio oszpecić ich twarze, dostosować tempo rozkładu, ich ubrania i wszelkie inne przedmioty, do których masz dostęp w trakcie gry. Możesz użyć akcelerometru Nintendo 3DS do niektórych czynności, takich jak toczenie głów zombie przez labirynt. Podczas rozgrywki zdobywasz także różne trofea lub pieniądze w grze, które możesz następnie wydać w Zombie Pet Shop.