Historia rozgrywa się gdzieś w głębi kosmosu, w bliżej nieokreślonym układzie słonecznym. Główny bohater jest tajnym agentem posiadającym wiele umiejętności, które Dark Sector chce rozwinąć. Co zaskakujące, główny nacisk zostanie położony nie tyle na walkę, choć i tej nie zabraknie, co raczej na włamywanie się do różnych systemów komputerowych. Dzięki nadprzyrodzonym zdolnościom bohatera i wszczepionym w jego ciało implantom, gracz otrzyma możliwość manipulowania czasem i przestrzenią, co będzie niezaprzeczalnym atutem podczas walki z wrogiem.